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    告别瓶瓶罐罐,迎接化学研究计算时代

      [  中关村在线   ]  

          厦门大学化学化工学院固体表面物理化学国家重点实验室,经过20多年的建设,在物理化学领域已形成了一些优势学科方面,积累的科学数据丰富。怎样从海量的科学数据中提取、管理、优化利用,对提升实验研究水平十分重要。而且,实验室在催化化学、电化学、结构化学、合成化学、生物物理化学、纳米化学、能源化学等多个学科领域非常注重科学计算及其与理论化学的交叉,其研究工作面临诸多复杂计算问题,急需搭建大数据高性能计算平台。

        为了不断适应今后的研究需求和强化自身的技术水平,提高自主计算能力,该实验室希望计算平台的搭建满足运行稳定、技术先进、性能优异、易于扩充和管理的高性能计算环境。而x86本身的高性价和高扩展性成为了厦大的首选,同时,服务器的稳定性、低耗能及针对高性能计算的特异性设计也是厦大在选择设备厂商时考虑的主要因素。宝德凭借在高性能计算方面的丰富经验和优势,提供了了由宝德PR2760TG2四子星高密度计算节点组成的高性能计算集群系统方案。

        宝德PR2760TG2高密度服务器面向具有高扩展性的高性计算市场设计,具有可自伸缩、高度可管理、高可用、髙性能价格比等诸多优点,解决了大规模集群部署髙效能计算、跨平台管理、跨操作系统管理、系统软硬件运行状态監控等混合平台应用等一系列问题。

        整个方案由19个节点接入IB数据交换矩阵中,实现与原HPC无缝扩展。整体架构采用宝德PBS高性能集群管理软件调度系统,能让计算任务尽可能在单个边缘交换内运行,实现作业调度,包含Torque、maui、MPI并行软件(Intelmpi、openmpi)-提供集群环境部署,它在简化集群管理的同时还使集群能够方便地实现快速扩展,从而提高了系统管理员的工作效率。管理及登陆节点负责新节点集群系统监控管理、系统部署、集群管理;调度节点负责计算作业的分发与调度:监控与管理网络连接所有节点的管理模块,实现集群系统的整体监控管理与维护;増加登录管理节点的物理磁盘空间(48TB)挂载计算所需的存储空间;项目新増计算节点上联至千兆管理网络,管理网络提供对系统日常管理的功能,如软件分发、作业调度、系统配置、系统监控等。

        

        计算机硬件、软件等技术的提高及高性能的计算水平的提升是推进科研创新的重要基础。此次宝德为厦门大学化学化工学院建设的高性能计算服务器集群项目,彻底打破了厦大实验室用瓶瓶罐罐做实验的传统研究方式,现在科研人员可以应用HPC开展许多与材料科学、生命科学相关的模拟计算,通过科学计算设计新材料和新药物,研究数据共享与优化利用都能在本系统中得到准确、快速的反馈结果。


    smb.zol.com.cn true //smb.zol.com.cn/725/7256447.html report 2074       厦门大学化学化工学院固体表面物理化学国家重点实验室,经过20多年的建设,在物理化学领域已形成了一些优势学科方面,积累的科学数据丰富。怎样从海量的科学数据中提取、管理、优化利用,对提升实验研究水平十分重要。而且,实验室在催化化学、电化...
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